在实际生活中，这一情况一般分为两类，
一、补偿金在入股时，职工是入持股会，职工本人不在工商登记的股东名册上，但是内部承认是股东，对于股份的处理，是按照职工持股会章程办理。
二、补偿金在入股时，职工本人在工商登记的股东名册上，是公司的正式记名股东，对于股份的处理，按照公司章程或者公司法的规定办理。
你可以根据自己的情况，决定处理的方法。
一、补偿金在入股时，职工是入持股会，职工本人不在工商登记的股东名册上，但是内部承认是股东，对于股份的处理，是按照职工持股会章程办理。
二、补偿金在入股时，职工本人在工商登记的股东名册上，是公司的正式记名股东，对于股份的处理，按照公司章程或者公司法的规定办理。
你可以根据自己的情况，决定处理的方法。