公司扣款是否合法，主要看你作为公司的销售员和公司签订什么样内容的的合同，即对货款回笼的责任以及公司起诉权利的行使。
一、在一般情况下，销售员的行为应当是职务行为，即代表公司，权利与义务都归公司。货款不能按时回笼，不应当扣销售员的业务费充抵。但如果你和公司的合同中有约定则应当按照约定。如果约定中有明显不合理或者违法的则又当别论。
二、公司应当及时行使诉权，如果公司不行使，你可以要求公司授权你代理公司起诉。
一、在一般情况下，销售员的行为应当是职务行为，即代表公司，权利与义务都归公司。货款不能按时回笼，不应当扣销售员的业务费充抵。但如果你和公司的合同中有约定则应当按照约定。如果约定中有明显不合理或者违法的则又当别论。
二、公司应当及时行使诉权，如果公司不行使，你可以要求公司授权你代理公司起诉。
