我与一家路桥公司04年-09年8月的劳动合同,到06年我家因为父母有病回家充当劳动力,当时写的请假条,今天我来拿回我的档案,公司的人说如果不交违约金5000就扣我档案一辈子,想咨询下他们那样是不是合法。