我公司有一个女员工,是2006年10月18日入职,至今有6年6个月时间,但是在2011年中去医院诊断为乳腺癌晚期,但我公司从法律上,给予这位女员工2年医疗期,于今年的2013年9月份到期,在这段期间,我公司养老保险一直缴纳的,工资按照病假工资支付,我公司想在2013年9月份医疗期满之后与她解除劳动合同关系,怎么处理是最合适的?协商处理?要赔偿多少钱?