我单位将两栋高层发包给某建筑工程公司,干了大部分就给停工了,我公司给付的工程款以达到已完工程的91.67%,现我公司如何主张权利,剩余的三百多万工程款还用给他吗?有备案的工程合同,又签了一个合同,真要诉建筑工程公司以那个合同为准啊?停工赔偿损失除了住户延迟进户费,我实在想不出还有什么损失?请帮忙解答。