拆迁许可证被法院认为是无效的，则该许可证自始至终都是无效的，拆迁部门依据拆迁许可证签订的协议也是无效的，因为对方不具有拆迁人的主体资格，无权对外签订拆迁补偿协议。
法律依据是《城市房屋拆迁管理条例》第四条规定： 拆迁人应当依照本条例的规定，对被拆迁人给予补偿、安置；被拆迁人应当在搬迁期限内完成搬迁。
本条例所称拆迁人，是指取得房屋拆迁许可证的单位。
本条例所称被拆迁人，是指被拆迁房屋的所有人。
法律依据是《城市房屋拆迁管理条例》第四条规定： 拆迁人应当依照本条例的规定，对被拆迁人给予补偿、安置；被拆迁人应当在搬迁期限内完成搬迁。
本条例所称拆迁人，是指取得房屋拆迁许可证的单位。
本条例所称被拆迁人，是指被拆迁房屋的所有人。
